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Actualité

CASDAR RT CARIBOU : Résultats et perspectives

L’étude d’outils de détection des agents responsables du dépérissement a pris fin en janvier 2023. La recherche de moyens de lutte est désormais en cours.
L’étude d’outils de détection des agents responsables du dépérissement a pris fin en janvier 2023. La recherche de moyens de lutte est désormais en cours.
© Senura

Quels sont les agents responsables du dépérissement de fruits et rameaux

Les champignons de la famille des Botryosphaeriaceae sont responsables de maladies affectant de nombreuses cultures dans le monde, et en France plus connues sur la vigne (maladies du bois) ou le pommier (Black Rot, dépérissement). Sur noyer, on les rencontre depuis 2013 lors des analyses de bourgeons, de feuilles et de rameaux, effectuées dans le cadre des recherches sur la flore fongique, sur les Colletotrichum, et d’une manière générale lors des identifications des champignons responsables de nécroses, causes de pertes de noix.

Les travaux de recherche

En 2015 et en 2018, des symptômes inhabituels de noix nécrosées avec dessèchement de branches sont observés dans les deux zones de production : les prélèvements, les isolements sur milieu gélosé et les analyses moléculaires ont permis dans ces cas précis de mettre en évidence la présence des genres Botryosphaeria, Phomopsis et Colletotrichum. Les deux premiers sont connus aux Etats-Unis (premier producteur mondial de noix) comme particulièrement agressifs et impactant sur la production. Depuis trois ans, des cas de dépérissement allant jusqu’à la mortalité des arbres ont été répertoriés en France, associés principalement au complexe B. dothidea / B. ribis.

Le projet CARIBOU, financé par le ministère de l’agriculture et de l’alimentation (CASDAR), et porté par le Ctifl en partenariat avec la SENuRA, la station Expérimentale de Creysse et le LUBEM-UBO, avec l'expertise technique de Florent Trouillas (Université de Californie), s’intéresse à l’étude des espèces fongiques appartenant à la famille des Botryosphaeriaceae, responsables de dépérissements. Il comporte deux volets:

  • Identifier et caractériser les espèces présentes en France dans les deux principaux bassins de production, au niveau de la symptomatologie et de la répartition géographique, des organes affectés ; définir leur niveau de pathogénicité sur fruits et bois, en conditions naturelles et contrôlées.
  • Mettre au point des outils de détection spécifiques et rapides par analyse moléculaire (PCR, séquençage haut-débit), innovants, fiables et validés sur le terrain, pour être transférables aux laboratoires spécialisés et équipés.

Ces éléments sont indispensables en première approche pour définir les programmes de recherche pour une meilleure compréhension de ces maladies, les conditions d’infection, les sources d’inoculum dans le verger et l’environnement, et pouvoir proposer au producteur des solutions de contrôle économiquement durables et respectueuses de l’environnement.

Bilan du projet

Les résultats obtenus confirment une diversité fongique au niveau des symptômes prélevés sur noix et sur rameaux. Cinq genres pathogènes ressortent majoritairement : Neofusicoccum, Botryosphaeria, Colletotrichum, Diaporthe, Fusarium. Leur répartition est variable selon les parcelles prélevées. Ces derniers ont également été isolés à partir d’organes végétaux sains, indiquant leur caractère de pathogène latent (présence au sein de l’organe, sans création de symptôme, avec possibilité d’en créer lorsque les conditions deviennent favorables).

La pathogénicité des Botryosphaeriaceae a été confirmée, aussi bien en conditions semi-contrôlées (test sur plants en pot sous serre), que dans des conditions de vergers sous l’influence des conditions climatiques extérieures.

Un outil de détection de type PCR mulptiplex a été développé pour les Botryosphaeriaceae, afin de préciser et accélérer leur indentification dans un échantillon. Cet outil peut être transféré aux centres techniques.

Perspectives

Pour lutter contre ces champignons pathogènes, le développement d’une approche alternative à la lutte chimique de synthèse apparaît comme adapté au contexte réglementaire, environnemental et sociétal actuel. L'utilisation d’agents ou de substances de biocontrôle respectueux de l’environnement et de la santé humaine nécessite cependant une connaissance détaillée des agents pathogènes, des cycles biologiques des maladies et des interactions plantes-pathogènes.

Le projet MAGIC (Gestion des maladies fongiques du noyer par des solutions de biocontrôle) débuté en juillet 2022, réunit les compétences de la Station Expérimentale de Creysse, de la Station d’Expérimentation Nucicole Rhône-Alpes (SENuRA), du Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (LUBEM-UBO) et du Centre Technique Interprofessionnel des Fruits et Légumes (CTIFL). Ces quatre partenaires s’appuieront sur les compétences et l’expertise du Dr. Florent Trouillas, phytopathologiste de l’université de Davis (Californie) pour lever les verrous techniques au développement de solutions alternatives et maximiser l’efficacité de la lutte par les solutions de biocontrôle.