Les variétés de noyer se distinguent par leur type de fructification : terminale pour les variétés traditionnelles, et latérale pour les variétés américaines et hybrides. Franquette est la variété la plus représentée dans les deux zones de production AOP « noix du Périgord » et « noix de Grenoble ». On retrouve également Corne, Marbot et Grandjean pour le bassin Sud-Ouest, Parisienne et Mayette pour le bassin Sud-Est.

Les variétés américaines (Lara, Chandler, Hartley) introduites en France sont à l’origine de plusieurs hybrides dont Fernor, Ferbel, Ferouette, ou Feradam, plus productives mais également plus précoces. En 2023, 31 variétés sont inscrites au Catalogue officiel des espèces et variétés de plantes cultivées en France (GEVES).

Le choix de la variété dépend de l’orientation du marché (coque ou cerneaux), des conditions pédoclimatiques (situation gélive) et du système de culture envisagé (accès à l’eau notamment).

Les variétés traditionnelles à fructification terminales (Franquette) ont une mise à fruits plus longue mais sont très bien adaptées à nos conditions pédoclimatiques. Les variétés à fructification latérales (Lara, Fernor) sont plus productives mais demandent une plus grande technicité. Leur floraison plus précoce les rend également plus sensibles au gel printanier.

On parle de tolérance plutôt que de résistance aux bioagresseurs. La sensibilité dépend des caractéristiques intrinsèques de la variété mais également des conditions de plantation (densité, entretien, sol, contexte pédoclimatique...)

Par exemple, Franquette semble plus tolérante du fait de sa rusticité. A l’inverse, Lara ou Feradam sont souvent plus marquées par des attaques de bioagresseurs. 

L’entrée en production de variétés traditionnelles commence à partir de la 10^e année (5^e année pour les variétés hybrides). On peut obtenir des rendements moyens secs de 2 à 3 tonnes/ha avec Franquette, et jusqu’à 6 tonnes/ha pour des variétés productives type Lara.

Pour conserver la génétique d’une variété de noix, le greffage est obligatoire. Un noyer de semis sans greffage ne conserve pas les caractéristiques de la variété.

Le greffage se fait en pépinière sur des scions d’un an pour des plants de variétés certifiée. Le porte greffe actuel le plus utilisé est regia (noyer commun européen).

Le greffage en tête est toujours possible (greffage des charpentières sur un arbre déjà formé).

Le rôle principal d’un porte-greffe est d’apporter de la vigueur.

Actuellement, la majorité des plants sont greffés sur porte-greffe regia (variété Lozeronne) issus de semis qui confèrent à la fois une vigueur suffisante et une tolérance au virus CLRV, ce qui n’est pas le cas de l’espèce nigra (d’origine américaine).

Les hybrides interspécifiques (regia, nigra) ont un intérêt pour les variétés à fructification latérale plus productives car ils apportent une vigueur importante, mais leur sensibilité au CLRV due à leur parenté restreint leur utilisation aux situations exemptes de risque de virose.